據了解，上海邊檢成立初衷為了改變當時特務間諜、投機商人、走私犯及其他違法分子在中國口岸通行無阻、任意破壞的狀況。建站之初，上海邊防檢查站設立“三股一隊”，即秘書股、檢查股、偵察股和警衛隊。當時總共30多名官兵要承擔外輪管理和港口對敵斗爭的艱巨任務。
在申濱南路上的上海邊檢總站榮譽室，墻上掛著泛黃的照片向人們講述著上海邊檢建站之初的傳奇故事。第一代檢查員徐康健今年已經84歲高齡，說起這段歷史，老人津津有味、精神矍鑠。那時，各種敵對勢力潛流暗涌，他們在資本主義國家船舶上安插特務，利用外輪船員收集和傳送情報。徐康健當年負責檢查外輪。1953年春，在遣返J國僑民的過程中，徐康健在J國派遣來華的輪船上，查獲一名高級間諜和一份諜報提綱。此案成功告破，在兩國間引起不小轟動，徐康健因此當選為華東軍區公安部隊第三屆英模代表和中央軍委公安部隊首屆功模代表，受到時任總理周恩來等接見。
隨著時代的變遷，“緝反擒特”漸漸淡出邊檢工作中心，處置突發事件成為邊檢的主要任務之一。1982年7月25日，從西安到上海的2505班機上發生了楊鋒等暴徒劫機案，飛機迫降于虹橋機場。虹橋邊防檢查站干警在機場迅速集結，飛機著陸后，他們一邊協捕劫機歹徒，一邊搶救傷員，成功將“7.25”劫機案5名罪犯全部擒獲。1996年6月12日，世界綠色和平組織“MV綠色和平”號船違反規定進入長江口中國內水，上海邊檢機關又一次成功處置了此涉外事件。
在上海邊檢部門中，有很多多才的邊檢人。20世紀70年代，有一位“外語奇才”叫陸法濂，他精通南斯拉夫語、俄羅斯語等數國語言，還參與翻譯多部南斯拉夫著作、電影。一些南斯拉夫電影表演藝術家與他成為好朋友。記者在陸法濂的的家中看到了他與前南斯拉夫電影《瓦爾特保衛薩拉熱窩》中游擊隊長“瓦爾特”扮演者巴塔日沃伊諾維奇在一起的照片。
被譽為“國門神鷹”的聶仁東1995年在一個外國領事館組織的識別偽假證件的培訓課上，看到了不少從上海流入國外的偽假護照。這次經歷讓他對證件“著魔”，每遇到新式護照和簽證都會收集起來，并記錄在冊。從1999年起，聶仁東陸續編寫了三本常遇證件簽證真偽鑒別的教材。當他看到國家每年要花巨額外匯購買國外證件信息系統的使用權，聶仁東用一年時間帶頭研發出中國自己的出入境證件信息數據庫系統。
1998年，上海邊檢實現職業化改革成為警察。世界上最先進的證件光譜鑒別儀、700余個“鷹眼”覆蓋了9個邊檢站的重要執勤點、人身檢查全息3D識別儀……其技術手段亦有飛速發展。
如今，上海邊檢部門在口岸查驗證件時有了世界上最先進的證件光譜鑒別儀，它可以發出近20種光源，各國出入境證件真偽都能“照出”；全息3D識別儀利用毫米波的反射作用，可對人體表面與所藏匿物品區別成像，甚至能檢測出金屬、塑料、陶瓷、橡膠、紙張及粉末等；700余個“鷹眼”覆蓋了所有重要執勤點，整個上海航行水域盡收眼底，甚至手機大小的物品也可一覽無遺。
此外，最近邊檢部門還正式啟用先進的便攜式船舶梯口管理系統，該系統如同一個“機器人警察”，能對二代身份證、含電子芯片長期登輪證及含二維碼身份信息證件的真偽作出識別，機器人警察“眼睛”自動將上下輪人員的模樣與備案庫里的高精度人像資料進行比對，而兩只高靈敏度的“耳朵”利用紅外線對上下輪人員精確管控，準確記錄下上下輪動態數據。
